Der Ursprung der Rother Stadtkirche liegt im Dunkeln. Zwar wird in der ersten urkundlichen Erwähnung des Ortes "Rot" in einer Urkunde des Bischofs Gundekar II. von Eichstätt im Jahre 1060 eine Kirchenweihe erwähnt, doch kann man nicht feststellen, ob diese mit der heutigen Stadtkirche identisch ist. Bei der Nennung einer Glocke in der Kirche "Beatae Mariae Virginis" handelt es sich dagegen höchst wahrscheinlich um den Bau am heutigen Kirchplatz, dem höchsten Punkt der damaligen Stadt. Seine heutige Form erhält das Langschiff im Rahmen einer großen Erweiterung in den Jahren 1508-1511. Der gotische Turm wird ebenso wie der gewölbte Chor beibehalten. Die Arbeiten stehen unter der Leitung des markgräflichen Baumeisters Endres Embhardd.J. aus Ansbach. Das Weihejahr ist noch heute über dem nördlichen Seiteneingang eingemeißelt zu sehen.

Bei der größten Brandkatastrophe Roths im Jahr 1878 brennt der Kirchturm völlig aus. Er wird durch einen neuen ersetzt, der 1885 fertiggestellt ist. Im Jahr 1977 findet eine große Innenrenovierung statt. Dabei werden zahlreiche Gruften entdeckt; bis zur Auslagerung des Friedhofs am Anfang des 17. Jahrhunderts war rings um die Kirche der "Kirchhof", die Begräbnisstätte der Rother Verstorbenen. Die aufgefundenen Grabsteine und Epitaphien aus damaliger Zeit werden sichtbar aufgestellt, die Gruften wieder verschlossen. Später wird auch die Außenfassade renoviert. Dabei werden die äußeren Treppenaufgänge zu den Emporen abgebrochen. Die Gesamtmaßnahme ist 1985 abgeschlossen. Die jüngste Innenrenovierung sowie eine Neueindeckung des Daches fanden 2010/2011 statt.

Erwähnenswert ist die im Jahre 1977 von der Firma E.F.Walcker erbaute Orgel, die 1994 von der Orgelbaufirma Gerhard Schmid (Kaufbeuren) erweitert und mit Schleierbrettern versehen wurde. Dabei erhielt sie einen neuen, nun vorgezogenen Spieltisch mit drei Manualen und eine elektrische Registertraktur mit Setzeranlage sowie spanische Trompeten und Zimbelstern. Der Tischaltar, die beiden Lesepulte sowie Taufstein und Osterleuchter stammen von Reinhart Fuchs, der in Untersteinbach ob Gmünd seine Werkstatt hatte. Provokant ist das seitlich stehende Triptychon aus Holz und Schmiedeeisen. "Dem Leiden ein Gesicht geschmiedet" hat mit dieser Kreuzigungsgruppe der Winkelheider Schmiedemeister Hans Hahn.

In der Stadtkirche werden an Sonn- und Feiertagen um 10 Uhr Gottesdienste gefeiert. Dazu kommen Wochengottesdienste und Andachten in der Advents- und Passionszeit sowie ökumenische Gottesdienste. Freitags um 18 Uhr findet das Friedensgebet statt und Montags trifft sich die Jugend zur Jugendandacht "Silence" um 18:00 Uhr. Die Kirchenmusik mit ihren zahlreichen Orgel-, Chor- und Orchesterkonzerten hat in der Stadtkirche mit deren ausgezeichneter Akustik ihre Heimat gefunden.Gelegentlich finden hier auch andere Veranstaltungen statt, z.B. Vorträge am Reformationstag, religiöse Schauspiele und Ausstellungen wie Marc Chagalls "Bilder zur Bibel" im Frühjahr 2002.